根據《中華人民共和國發票管理辦法》第二十條規定:“銷售商品、提供服務以及從事其他經營活動的單位和個人,對外發生經營業務收取款項,收款方應向付款方開具發票;特殊情況下由付款方向收款方開具發票。”也就是說,開具發票的前提是銷售商品、提供勞務等而取得了生產經營收入,且是對外發生的經營業務行為,總分公司並不是對外的,故不需要開具發票。直接簽訂協議入賬即可。