在上海市設立外商投資企業，除國家規定由國務院主管部門審批的專案以外，均由市外資委及其授權的浦東新區管理委員會、外高橋保稅區管理委員會，區、縣人民政府，市有關主管部門（以下簡稱審批機構）審批。
1、投資總額在3000萬美元以上的生產性專案和需由國務院主管部門審批的其他專案，由市外資委會同有關部門初審後，轉報國務院主管部門審批。
2、投資總額在3000萬美元以下的專案，位於浦東新區內的，由浦東新區管理委員會負責審批，位於外高橋保稅區內的由外高橋保稅區管理委員會負責審批；限制乙類專案，需經市外資委會同有關部門初審後轉報國務院主管部門審批專案建議書。位於市級工業區內，屬於鼓勵類專案，由所在區、縣人民政府負責審批。
3、投資總額在1000萬美元以下的鼓勵、允許類項目，由各區、縣人民政府和有關主管局負責審批。
4、除上述第1、2、3項外的其他專案，由市外資委負責審批。
（一）設立中外合資經營企業、中外合作經營企業的程式
1、編報專案建議書
中方或外方投資者可以通過各種途徑選擇合資（合作）者，在瞭解合資（合作）者的業務範圍和資信狀況、確定合作意向後，由中方投資者編寫專案建議書，報審批機關審批。審批機關在收到專案建議書及其附件之日起的20日內，決定批准或不批准。
項目建議書批准後，中、外投資者應向工商行政管理部門辦理企業名稱登記。
2、編報可行性研究報告
中外投資者應在專案建議書批准後，就合資（合作）經營專案有關的市場、資金、技術、工藝、設備、原材料（零部件）、選址、環保、勞動保護、消防、基礎設施配套、銷售、經濟效益、外匯平衡等事項進行可行性研究，共同編製可行性報告。有困難的問題可提請審批機構協調解決。
3、報送合同、章程
中外投資者在編報可行性研究報告的同時，可起草合同、章程。由中方投資者報送審批機關審批。審批機關在收到可行性研究報告和合同、章程及其附件之日起的30日內決定批准或不批准。
4、辦理企業代碼
憑合同、章程批准檔，向市企事業社團統一代碼標識辦公室申領企業代碼。
5、申請頒發批准證書
可行性研究報告和合同、章程批准後，由中方投資者向審批機構申領投資企業批准證書。
審批機關在收到有關文件之日起在3日內，由市外資委及其授權的浦東新區管理委員會、外高橋保稅區管理委員會和區、縣人民政府頒發批准證書。
6、申請領取營業執照
中外投資者在領取被批准證書之日起在30日內，向工商行政管理部門辦理登記註冊，領取營業執照。凡市外資委負責審批的專案，市工商行政管理局在10日內簽發營業執照。 營業執照簽發日期為合資（合作）企業的成立日期。
（二）設立外商獨資經營企業的程式
外國投資者設立外資企業，應委託本市具有相應資格的諮詢代理機構辦理申請和報批等事項。
設立外資企業，參照中外合資、合作經營企業的投資程式辦理。
